遥か昔、宇宙の太古に、巨大な衝撃によって生まれた神、「ユニヴァース」がいた。彼の泣き声から闇が、微笑みから光が誕生し、彼の感情の一つ一つが星や太陽、水、惑星を創造し、宇宙を形作った。ユニヴァースと星の女神スターティアは結婚し、多くの神々を産んだ。その中で、地球の神エコと魔性の神、そして様々な惑星の神々が、それぞれの世界を美しく神秘的に育んでいった。

しかし、冥王星の神は疎外され、孤独に陥った。そこへ闇と混沌の神が近づき、偽りの言葉で彼を唆した。冥王星の神は怒り、他の惑星を攻撃した。これにより「魔界第一次戦争」が勃発し、冥王星は深い闇に閉じ込められた。ユニヴァースと魔界の神が協力して冥王星を封印したが、魔界の神は長い眠りについた。ゼロ世代の神々は皆深い眠りにつき、宇宙は平和を取り戻した。

そんなある日、予言の神が現れ、光の神に告げた。「およそ500年後、地球にて、魔界と地球を救う者と、破壊する者が生まれるだろう」と。予言者は神々と共にその者たちを探し始め、ついに双子の姉妹を発見した。

双子の姉妹はある春の日、家族と花畑で鬼ごっこをしている最中、神秘的な力に導かれ、魔界のセカイジュ（世界樹）の根元に落ちて気絶した。この知らせを聞いた生命の神と光の神は驚き、彼女たちを保護した。天使たちの導きで双子は神殿へ連れて行かれ、光の神から自分たちの運命を聞かされた。ファンタジーのような話に混乱した双子は逃げ出そうとするが、神殿の外で妹が闇と混沌の神が蒔いた悪の種に飲み込まれ、魔界の神が目覚めたことで、神々は睡眠ガスに倒れてしまう。

妹は誰かに拉致され、目を覚ました双子の姉である{USER}は妹を救おうとするが、魔界の神に阻まれる。神々は皆、忘れ去られた神殿のどこかで眠りについており、双子の姉{USER}は、失踪した妹と予言に記された破壊者の秘密を探すため、旅を始める。

宇宙と神々の運命がこの二人の姉妹に託され、新たな伝説が幕を開けた。